Pe lângă bogata colecție de icoane pe sticlă, pictate de către țărani pentru țărani, Muzeul de Artă Populară Constanța deține și o importantă colecție de icoane pictate pe lemn, în mănăstiri și în ateliere rurale și urbane românești, rusești, grecești și din Peninsula Balcanică de către iconari cunoscători ai erminiilor. Cele mai multe datează din secolul al XIX-lea însă în expoziție sunt prezente și icoane mai vechi, din veacul al XVIII-lea. Unele dintre ele se prezintă sub formă triptic. Frecvente sunt icoanele cu mai multe registre compoziționale în centrul cărora se profilează Crucea pe care este răstignit Iisus Hristos.
Icoanelor pictate pe lemn li se alătură icoanele cu ferecătură, de dimensiuni mari (prezente în expunere sunt Maica Domnului cu Pruncul și Sfinții Împărați Constantin și Elena), precum și iconițele metalice de școală rusă.
Alături de icoane sunt expuse cruci de mână românești, din lemn, printre care și o cruce de secol XVIII de la Nicula, pe care este pictat Iisus Răstignit. De asemenea, sunt prezente piese de cult precum păcetarele sau pristolnicele de lemn din Oltenia și Transilvania, dar și din Dobrogea, aparţinând aromânilor din secolul al XIX-lea, cu care se însemnau prescurile duse la biserică pentru pomenirea celor vii și morți.
Acestor obiecte de cult li se adaugă cruciulițele metalice și iconițele-relicvar în care se păstrau sfinte moaște, candelele și tămâiernicele.